史料編纂所には、史料の研究と編纂のために蒐集・購入した多くの史料・図書が収蔵されています。

史料編纂所には、100年以上にわたって全国を採訪し、本所において作成した複製史料が多数所蔵されています。複製史料には複製方法によって影写本・謄写本・写真帳などの種類があります。

寄贈・移管・購入等によって受け入れた多数の原本・写本類を所蔵しています。国宝・重要文化財に指定されたものや、まとまって伝来した史料群（特殊蒐書）など多くの貴重書があります。

一般図書の中には古い木版本や洋古書が含まれています。また、編纂・研究のために、史料所蔵機関の蔵書目録、地方史誌、学術図書・雑誌の充実に努め、所外の研究者にも公開しています。

長い年月を経てきた本所所蔵史料には、傷みや劣化が進んでいるものも多く含まれます。史料の抱える問題を改善し、将来にわたって伝えていくために、教員と技術室職員とが協力して修理を実施しています。解体の際にしかできない調査を行ったり、装備をあらためて史料の原態を復元したりするなど、修理の機会を活用した研究にも積極的に取り組 んでいます。

	●図　書（版本を含む）			225,824	冊
		内、	和漢書	216,987	冊
			洋書	8,837	冊
	●史　料（原本・写本類）			200,526	冊
		（国宝1 件、重要文化財20 件、特殊蒐書70 件及び貴重書を含む）
	●本所作成史料			121,183	点
		内、	影写本	7,105	冊
			影写本（複製本）	4,500	冊
			謄写本	22,708	冊
			写真帳（レクチグラフを含む）	49,176	冊
			台紙付写真	23,222	点
			模写・拓本	4,584	点
			稿 本	9,845	冊
			模 造	36	点
			古写真	7	点
	●逐次刊行物			3,355	種
		内、	和雑誌	3,069	種
			洋雑誌	286	種
	●フィルム類（複製本を含む）			57,358	点
		内、	マイクロフィルム	40,275	リール
			シートフィルム	8,083	タイトル
			乾 板	9,000	枚
	●電子出版物（ビデオテープを含む）			928	タイトル