国宝・重要文化財や特殊蒐書のほかにも多くの史料が貴重書として保管されています。

古文書

入来院家文書（薩摩入来院氏伝来の平安～江戸期の文書、1 帖19 巻20 冊）
小笠原文書（越前勝山小笠原家に伝来の南北朝～戦国期の文書、4 帖）
尾張国郡司百姓等解文（平安時代の地方の様子を伝える史料、古写本1 巻）

古記録

山科家日記
（公家山科家の歴代のうち、言継・言経・言緒などの日記）
薩戒記
（室町時代中期の公家中山定親(1401 ～ 59) の日記、自筆本を含む6 巻）
満済准后日記
（醍醐寺三宝院の門跡、満済(1378 ～ 1435) の日記、自筆本1 巻）

画像史料

倭寇図巻（倭寇の来襲とそれを迎え討つ中国側の情景を描いたもの、絹本1 巻）
たはらかさね耕作絵巻（中世末の農業技術や儀礼を示す史料、紙本1 巻）
ロシア使節レザノフ来航絵巻（レザノフが長崎に来航した時の光景を描いた絵巻、紙本2 巻）
ペリー渡来絵図貼交屏風（ペリー艦隊などを写生した12 葉の絵図を貼り込んだもの、8 扇1 隻）

所蔵史料の公開・展示 所蔵史料について、書籍への掲載やテレビ放映、博物館への出陳など、さまざまな公開のご要望にお応えしています。また協力や共催などのかたちで博物館等の展示企画に主体的に関わり、本所における編纂や史料研究の成果を発信することにも取り組んでいます。2015年には、奈良市大和文華館の特別展に協力して、修理のために解体した状態での「中院一品記」を展示し、解体修理を通じての研究成果や、解体時だからこそ確認可能な情報をひろく共有していた だく、修理・研究・公開を連携させた試みを実施しました。