一括して伝来した史料・図書、あるいは内容に特色のある個人の蒐書などは、「特殊蒐書」と呼び、その史資料のまとまりをくずさずに管理しています。国宝島津家文書や重要文化財近藤重蔵関係資料・林家史料もその一部です。特殊蒐書は全部で 70 件あり、史料総数は約10万点を数えます。

こちらに特殊蒐書案内のページがあります。

公家史料

徳大寺家本（中世～近世の徳大寺家歴代当主の日記など、約4400 点）
裏松家史料（故実家裏松固禅の著書稿本・図面類、故実書写本など、約1000 点）
伏見宮家本（伏見宮家の近世～近代の家政日記、約690 点）
押小路家本（押小路家の書籍類、約630 点）
正親町家本（正親町家伝来の書籍・文書類、約600 点）　ほか

武家史料

益田家文書（中世石見の豪族～近世萩藩永代家老家の史料、約9000点）
宗家史料（対馬宗家の江戸藩邸伝来の史料、約3000 点）
播磨新宮池田家記録（幕臣池田家の史料、約600 点）
備後福山阿部家史料（阿部家歴代が就任した役職の勤役中の日記・留書等、約780 点）
美濃加納永井家史料（美濃加納藩永井家の史料、約290 点）
溝口家史料（越後新発田藩主溝口家伝来の江戸時代後期の史料、約400 点）　　ほか

維新史料

維新史料引継本
（文部省維新史料編纂事務局旧蔵史料、約20600 点）
復古記原史料
（復古記の材料となった維新期の史料、約21000 点）
外務省引継書類
（江戸幕府の外国奉行所文書、約3200 点）
ルボン家資料
（明治初期のフランス軍事顧問団ルボン砲兵大尉がのこした図面類、108 点）
内務省引継地図
（旧内務省地理局収集地図を中心にした絵図群、約1000 点）
赤門書庫旧蔵地図
（旧内務省地理局収集地図を中心にした幕末から明治20年代の地図、約670 点）
池田長発請来史料
（文久3年（1863）、江戸幕府最後の遣欧使節団一員である池田長発がフランスにて購入した洋書類、33 点）
諸新聞切張物（西南事件関係）
（修史館が西南戦争を「征西始末」としてまとめる際、材料として各新聞から西南戦争関係の記事を切り取り作成したスクラップブック、31 点） 　　ほか

個人蒐書

森潤三郎氏旧蔵史料（森鴎外の弟・潤三郎氏蒐集の以酊庵関係史料等、154 点）
辻善之助関係史料（元所長辻善之助の関係史料、約2900 点）
菊池大麓関係史料（元帝国大学総長菊池大麓氏の蒐集図書、約40 点）
塙氏旧蔵書類（塙保己一旧蔵の史料、22 点）
岩生文庫本（元所員岩生成一氏蒐集の欧文日本関係書、約1000 点）
龍粛関係史料（元所長龍粛の関係史料、4581 点のうち日記のみ公開）
三上参次関係史料（元史料編纂掛事務主任［現在の史料編纂所長］ 三上参次の関係史料、380点） 　ほか