『大日本古文書』には編年文書、家わけ文書、幕末外国関係文書の三種類があります。編年文書は、正倉院文書を中心に奈良時代の文書を年次の順序に収め、家わけ文書は、下記の22の寺社や諸家の文書を所蔵者ごとにまとめています。また幕末外国関係文書は、外務省の幕末外交文書編纂事業を引き継いだもので、ペリー来航以降の外交関係をめぐる、近代日本黎明期の史料を収めています。

編年文書

本編	大宝2年～宝亀11年（702 ～ 780）	6冊
追加	和銅2年～宝亀10年（709 ～ 779）	17冊
補遺	天武天皇14年～宝亀7年（685 ～ 776）	2冊

【関連データベース】奈良時代古文書フルテキスト

家わけ文書（ ＊は続刊中）

第１ 高野山文書 8 冊 第２ 浅野家文書 1 冊 第３ 伊達家文書 10 冊 第４ 石清水文書 6 冊 第５ 相良家文書 2 冊 第６ 観心寺文書 1 冊 第７ 金剛寺文書 1 冊 第８ 毛利家文書 4 冊 第９ 吉川家文書 3 冊 第10 東寺文書 19 冊* 第11 小早川家文書 2 冊 第12 上杉家文書 3 冊 第13 阿蘇文書 3 冊 第14 熊谷家文書 三浦家文書 平賀家文書 1 冊

第15 山内首藤家文書 1 冊 第16 島津家文書 8 冊* 第17 大徳寺文書 14 冊 別集 真珠庵文書 8 冊* 別集 徳禅寺文書 2 冊* 第18 東大寺文書 25 冊* 別集 東京大学所蔵文書 1 冊 第19 醍醐寺文書 18 冊* 別集 満濟准后日記紙背文書 3 冊 第20 東福寺文書 5 冊 第21 蜷川家文書 6 冊 第22 益田家文書 5 冊*

【関連データベース】古文書フルテキスト

幕末外国関係文書

嘉永6年～文久元年（1853 ～ 1861） 既刊54冊・付録8冊＊

【関連データベース】近世史編纂支援