小石川植物園へ移築される前の赤門庁舎

1911年（明治44年）赤門庁舎への移転
赤門内右側に移築された旧東京医学校本館（明治9年竣工）に移転し、はじめての独立庁舎をもちました。この庁舎は、1965年（昭和40年）に解体され、ついで小石川植物園内に移築されました（重要文化財、現「総合研究博物館小石川分館」）。

1916年（大正5年）赤門倉庫の建築
庁舎脇に鉄筋煉瓦造り3階建の耐火書庫が建てられました（同位置に現存）。関東大震災（1923年）でも庁舎と書庫は無事でした。

1928年（昭和3年）現本館の竣工
鉄筋コンクリート造り、地上4階・地下1階。

1973年（昭和48年）現別館部分の増改築
同じく地上7階・地下1階、書庫10層。

2009 年（平成21年）現別館部分の耐震工事、赤門倉庫の本部移管