Gegenwärtig setzen sich die Mitglieder der Forschungsabteilungen aus 13 Professor(inn)en, einundzwanzig Assistenzprofessor(inn)en und fünfundzwanzig Assistent(inn)en zusammen.
Die Forschungsgebiete der sechs Forschungsabteilungen sind:
1. Abteilung für Geschichtsquellen des Altertums (kodai shiryô bumon):
kümmert sich um die Erforschung von Geschichtsquellen der Nara-, Heian- und Kamakura-Zeit (vom 9. bis zum 14. Jahrhundert).
Diese Abteilung gibt die Serie Dai Nippon Shiryô (Chronologische Geschichtsquellen Groß-Japans), Abteilungen I-V, heraus.
2. Abteilung für Geschichtsquellen des Mittelalters (chûsei shiryô bumon):
kümmert sich um die Erforschung von Geschichtsquellen der Muromachi- und Azuchi-Momoyama-Zeit (vom 14. bis zum 17. Jahrhundert).
Diese Abteilung gibt die Serie Dai Nippon Shiryô (vgl. 1. Abteilung oben), Abteilungen VI-XI, heraus.
3. Abteilung für Geschichtsquellen der frühen Neuzeit (kinsei shiryô bumon):
kümmert sich um die Erforschung von Geschichtsquellen der Edo- (Tokugawa-)Zeit (vom 17. bis zum 19. Jahrhundert).
Diese Abteilung gibt die Serie Dai Nippon Shiryô (vgl. 1. Abteilung oben), Abteilung XII; Dai Nippon Kinsei Shiryô (Geschichtsquellen zur frühen Neuzeit Groß-Japans); Dai Nippon Ishin Shiryô (Geschichtsquellen zur Reform Groß-Japans); und Bakumatsu Gaikoku Kankei Monjo (Dokumente ausländische Angelegenheiten betreffend in den letzten Tagen des Tokugawa-Shogunats) als Teile der Serie Dai Nippon Ko-Monjo (vgl. 4. Abteilung unten) heraus.
4. Abteilung für Alte Dokumente und Tagebücher (komonjo kokiroku bumon):
kümmert sich um die Erforschung von alten Urkunden und um Tagebücher.
Diese Abteilung gibt die Serien Dai Nippon Shiryô, Dai Nippon Komonjo (Alte Urkunden Groß-Japans) und Dai Nippon Kokiroku (Alte Chroniken Groß-Japans) heraus.
5. Abteilung für besondere Geschichtsquellen (tokushu shiryô bumon)):
kümmert sich um die Erforschung von Geschichtsquellen besonderer Art, u.a. Kulturgüter, alte Signaturen, Historiogeographie und Japanbezogene geschichtliche Dokumente in ausländischen Sammlungen.
Diese Abteilung gibt die Serien Kaô Kagami ("Signaturenspiegel"), Teile der Serie Dai Nippon Shiryô (vgl. 1. Abteilung oben), Dai Nippon Kinsei Shiryô (vgl. 3. Abteilung oben) und Nihon Kankei Kaigai Shiryô (Japanbezogene geschichtliche Dokumente in ausländischen Sammlungen) heraus.
6. Zentrum für die Analyse von Bildmaterial (gazô shiryô kaiseki sentâ):
Dieses im April 1997 neu eingerichtete Zentrum hat zur Aufgabe, alle Arten von Bildmaterial zur japanischen Geschichte zu sammeln, zu sichten und in digitalisierter Form der Forschung bereitzustellen.
Zusätzlich wurden verschiedene abteilungsübergreifende Forschungsprojekte organisiert, deren Ergebnisse vom Institut publiziert werden.