国宝・重要文化財や特殊蒐書のほかにも多くの史料が貴重書として保管されています。

古文書

入来院文書（薩摩入来院氏伝来の平安～江戸期の文書、1 帖19 巻20 冊）
小笠原文書（越前勝山小笠原家に伝来の南北朝～戦国期の文書、4 帖）
尾張国郡司百姓等解文（平安時代の地方の様子を伝える史料、古写本1 巻）

古記録

画像史料

倭寇図巻（倭寇の来襲とそれを迎え討つ中国側の情景を描いたもの、絹本1 巻）
たはらかさね耕作絵巻（中世末の農業技術や儀礼を示す史料、紙本1 巻）
ロシア使節レザノフ来航絵巻（レザノフが長崎に来航した時の光景を描いた絵巻、紙本2 巻）
ペリー渡来絵図貼交屏風（ペリー艦隊などを写生した12 葉の絵図を貼り込んだもの、8 扇1 隻）

重要文化財　慈鎮和尚夢想記 慈鎮和尚夢想記 平安末期～鎌倉前期の天台座主である慈円（慈鎮和尚、1155～ 1225）の見た夢を記した書物。慈円は歴史書『愚管抄』の著者で、摂関家出身の立場から政治の流れを通して叙述し、生彩に富む同時代史を描いて、歴史を動かす道理を思索した。保元の乱（1156）以後は「武者の世」になったとの一節はよく知られるが、平家滅亡（1185）によって三種神器の宝剣が失われた衝撃を、武士が台頭した現世の解釈へと展開してゆく思想形成をうかがい知るテキストとして、本史料は重要な位置を占める。自筆の可能性もある同時代の古写本で、慈円が伝領した青蓮院の旧蔵。平成26 年に重要文化財に指定された。