一括して伝来した史料・図書、あるいは内容に特色のある個人の蒐書などは、「特殊蒐書」と呼び、その史資料のまとまりをくずさずに管理しています。国宝島津家文書や重要文化財近藤重蔵関係資料・林家史料もその一部です。特殊蒐書は全部で64 件あり、史料総数は約１万点を数えます。

こちらに特殊蒐書案内のページがあります。

公家史料

徳大寺家本（中世～近世の徳大寺家歴代当主の日記など、約4400 点）
裏松家史料（故実家裏松固禅の著書稿本・図面類、故実書写本など、約1000 点）
伏見宮家本（伏見宮家の近世～近代の家政日記、約690 点）
押小路家本（押小路家の書籍類、約630 点）
正親町家本（正親町家伝来の書籍・文書類、約600 点）　ほか

武家史料

益田家文書（中世石見の豪族～近世萩藩永代家老家の史料、約9000点）
宗家史料（対馬宗家の江戸藩邸伝来の史料、約3000 点）
播磨新宮池田家記録（幕臣池田家の史料、約600 点）
備後福山阿部家史料（阿部家歴代が就任した役職の勤役中の日記・留書等、約780 点）
美濃加納永井家史料（美濃加納藩永井家の史料、約290 点）
溝口家史料（越後新発田藩主溝口家伝来の江戸時代後期の史料、約400 点）　　ほか

維新史料

個人蒐書

森潤三郎氏旧蔵史料（森鴎外の弟・潤三郎氏蒐集の以酊庵関係史料等、154 点）
辻善之助関係史料（元所長辻善之助の関係史料、約2900 点）
菊池大麓関係史料（元帝国大学総長菊池大麓氏の蒐集図書、約40 点）
塙氏旧蔵書類（塙保己一旧蔵の史料、22 点）
岩生文庫本（元所員岩生成一氏蒐集の欧文日本関係書、約1000 点）
龍粛関係史料（元所長龍粛の関係史料、4581 点のうち日記のみ公開）
三上参次関係史料（元史料編纂掛事務主任［現在の史料編纂所長］ 三上参次の関係史料、380点） 　ほか