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史料編纂所の調査・研究対象には、諸外国に所在する日本関係史料も含まれ、その多くは外国語史料です。1950 年代からは、日本学士院とユネスコ、国際学士院連合等の支援を得て、在外日本関係史料のマイクロフィルムによる収集を進めました。欧米諸国を中心として、各国の外務省史料や植民省史料など、国内唯一のコレクションです。1999 年からは「東アジアを中心とする前近代日本関係史料の収集事業検討会( 東アジアWG)」を設け、中華人民共和国・大韓民国・ロシア連邦・東南アジア諸国などに所在する日本関係史料の収集や史料目録の作成にも積極的に取り組んできました。
こうした研究の成果は、本研究所の刊行する史料集の編纂に反映され、所報や研究紀要に発表されています。また各種の国際研究集会を開催し、国際交流や共同研究も拡大してきました。
ロシア海軍文書館の館長室にて
両文書館と学術協力に関する覚書を締結し、2003 年3 月から「日露関係史料をめぐる国際研究集会」を開催するなど、両館が所蔵する帝政ロシアの日本関係史料の調査研究を続けています。
中国第一歴史档案館は明清時代の皇帝文書を保存する文書館です。本研究所では、2006 年度から1000 万件といわれる清朝档案から日本関係档案1 万2000 件を抽出してデジタル画像で収集するプロジェクトを開始し、同館の協力を得て国際研究集会を開催しています。
2000 年2 月、大韓民国の教育部の研究機関である國史編纂委員會と学術交流協定を締結し、研究員をお迎えしています。國史編纂委員會は1946 年に創設され、古代から現代までの韓国史の基本史料の研究・編纂・出版を行っています。
2002 年12 月、大韓民国ソウル市で開催された国際学術会議を契機に、東アジア地域の史料研究編纂機関が参加する協議会が結成され、学術交流を行っています。本研究所は、韓国國史編纂委員會、中国社会科学院近代史研究所とともに、日本の理事機関として参加しています。原則として2 年おきに国際学術会議が開催され、第二回は2004 年12 月に本研究所が主催し、第三回は2006 年11 月に中華人民共和国武漢市で開催されました。
日本学士院が行っている国際学士院連合関係事業=在外未刊行史料収集事業と連携して、ロシアやオランダにおける日本関係史料の調査・収集を行い、2004 年度からは上述の日露関係史料をめぐる国際研究集会を共催しています。
1997 年からアメリカ合衆国各地の大学が主催する夏季ワークショップで、本研究所の教員が漢文史料の読解の指導を行っています。ワークショップには、北米やヨーロッパ、アジアから学生や研究者が参加しています。