7,962平方メートル
うち書庫部分 2,569 平方メートル（収容能力41 万冊）／特別収蔵庫 135 平方メートル
小石川植物園へ移築される前の赤門庁舎
1911年（明治44年）赤門庁舎への移転
赤門内右側に移築された旧東京医学校本館（明治9年竣工）に移転し、はじめての独立庁舎をもちました。この庁舎は、1965年（昭和40 年）に解体・移築され、現在も小石川植物園の敷地内に保存されています（重要文化財、現「総合研究博物館小石川分館」）。
1916年（大正5年）赤門倉庫の建築
庁舎脇に鉄筋煉瓦造り3階建の耐火書庫が建てられました（同位置に現存）。関東大震災（1923年）でも庁舎と書庫は無事でした。
1928年（昭和3年）現本館の竣工
鉄筋コンクリート造り、地上4階・地下1階。
1973年（昭和48年）現別館部分の増改築
同じく地上7階・地下1階、書庫10層。
単位 ： 千円
区分
平成16年度
平成17年度
平成18年度
平成19年度
人件費
724,019
822,927
867,113
724,707
研究関係経費
139,991
128,322
82,636
87,110
出版関係経費
40,629
46,818
35,833
42,956
史料保存関係経費
20,191
18,808
22,456
67,424
図書関係経費
29,808
25,942
25,257
15,817
共通運営経費
61,612
71,730
39,309
32,785
その他経費
825
1,246
3,815
36,735
合計
1,017,075
1,115,793
1,076,419
977,534
単位 ： 千円
区分
平成16年度
平成17年度
平成18年度
平成19年度
刊行物等売払収入
20,454
20,075
29,736
25,748
版権料収入
1,892
1,322
1,402
6,240
科研費間接経費所配分
18,099
4,194
19,410
49,530
その他収入
864
2,110
1,585
1,615
合計
41,309
27,701
52,133
83,133
単位 ： 千円
区分
平成16年度
平成17年度
平成18年度
平成19年度
件数
金額
件数
金額
件数
金額
件数
金額
科学研究費補助金
32
286,400
31
108,886
32
91,120
41
190,350
寄付金
2
1,331
6
4,352
16
32,030
8
6,681
共同研究
--
--
--
--
1
9,240
2
21,346
受託研究
--
--
--
--
2
5,990
2
2,699
合計
34
287,731
37
113,238
51
138,380
53
221,076
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