古代から鎌倉時代の末までを４チームで分担し、『大日本史料』第一編から第五編までと『正倉院文書目録』の編纂を担当しています。また部門外のプロジェクトとして、『日本荘園絵図聚影』釈文編の編纂や各種データベースの構築に参加しているスタッフもいます。
『大日本史料』は「六国史」のあとをうけて、仁和３年(887) の宇多天皇の践祚から第一編が始まり、鎌倉時代の末までをあつかう第五編までが古代史料部門に所属しています。このうち第一編と第四編は一応の編纂を終えました。第一編については別冊補遺４冊を刊行していますが、今後は、電子的形態による公開に切り換えると共に、新たに「九世紀編年史料」（仮題）のための準備を進める計画です。第四編の別冊補遺は１冊刊行したところで中絶しています。
『正倉院文書目録』は、わが国最古の古文書群である「正倉院文書」について、文字のみならず料紙の状態など様々な情報について調査してきた成果をまとめたものです。
尾張国郡司百姓等解文（史料編纂所所蔵）
| 第１室（第１編） | 第２室（第２編） | ||||
| 教 授 山口 英男 | 准教授 伴瀬 明美 | ||||
| □古代史料の書類学 □古代行政システムの在地的展開 |
□古代・中世天皇家の研究 | ||||
| 准教授 稲田奈津子 | 助 教 黒須友里江 | ||||
| （画像史料解析センターより兼任） □古代儀礼史研究、律令制研究 |
□平安時代の政務・儀式 | ||||
| 第３室（第３編） | 第４室（第４編）・第５室（第５編） | ||||
| 教授 田島 公 | 教 授 本郷 和人 |
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| □古代・中世の古典籍の伝来と 禁裏・公家文庫の研究 |
□中世政治史と史料論 | ||||
| 准教授 藤原 重雄 |
助 教 堀川 康史 | ||||
| （画像史料解析センターを兼任） □中世文化史、絵画史料論 |
□室町幕府の研究 | ||||
| 正倉院文書プロジェクト（統括） | |||||
| 教 授 山口 英男 | |||||
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