| ID | 和暦 | グレゴリオ暦 | 地域 | 天変地異などの記事 | 原出典 | 掲載書誌 |
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| 00011551 | 永禄4年 | 15610126 | 能登 | 大疫、土民死数万人、 | 永光寺年代記 | 加能史料研究2 |
| 00011552 | 永禄4年 | 15610126 | 世間 | 秋世中は半作にて候得共、売買やすし、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011553 | 永禄4年 | 15610126 | 甲斐 | 永禄二年からこの年まで三年、疫病流行る、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011554 | 永禄4年 | 15610126 | 甲斐 | 冬日照り、霜月両月のうち、雨雪ふらず、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011555 | 永禄4年 | 15610126 | 陸奥 | 疫病ニテ人民死、三年病ヒ、 | 正法（寺）年譜住山記 | 正法寺総合調査報告書 |
| 00011556 | 永禄4年 | 15610126 | 天下 | 天下大疫、不及数死人、 | 和光院和漢合運 | 東大謄写本 |
| 00011557 | 永禄4年 | 15610126 | 天下 | 天下疫病、人多死、 | 龍淵寺年代記 | 東大影写本 |
| 00011558 | 永禄4年 | 15610126 | 諸国 | 諸国疾疫流布す、 | 新撰和漢合運図他 | 史料綜覧10-540 |
| 00011559 | 永禄4年 | 15610126 | 日本 | この年、日本疫病、疱瘡、悪風気、人多死、 | 異本塔寺長帳 | 中世東国災害史略年表 |
| 00011560 | 永禄4年 | 15610126 | 山城 | ［山城国上久世庄年貢米算用状］上久世之庄御年貢米 御算用状之事／合 永禄四年分…八斗 蔵王堂ﾉ川成／弐斗 追捨 五斗五升 垣内前 川成／三斗 垣内前 川成…／十石三斗九升一合 流田捨米…／八石弐斗壱升二合 川成荒 五十石 当捨免… | 教王護国寺文書10-2728 | 教王護国寺文書10 |
| 00011561 | 永禄4年1月 | 15610126 | 甲斐 | ～二月、大雪降り、薪につまる、 | 勝山記 | 勝山記 |
| 00011562 | 永禄4年2月22日 | 15610317 | 天下 | 景虎武州松山ニ着陣ス、天下大疫、飯富堂ヲ打破、 | 年代記配合抄 | 内閣文庫 |
| 00011563 | 永禄4年3月27日 | 15610421 | 甲斐 | ［武田家朱印状 屋代左衛門尉殿宛］御領中之地下人、今度在所離散候哉、雖何方徘徊候、於分国之内者、可被加成敗候、若可許容之人者、早可有名字注進候、可行同罪者也、仍如件、 | 静岡市屋代家文書 | 戦国遺文武田730 |
| 00011564 | 永禄4年6月 | 15610723 | 加賀 | 霰降、疫病、 | 産福寺年代記 | 加能地域史11 |
| 00011565 | 永禄4年6月29日 | 15610820 | 京都 | 夜大雨、かみ鳴、 | 御湯殿上日記 | 後鑑332 |
| 00011566 | 永禄4年8月 | 15610920 | 陸奥 | （弘前）八月四日、大風吹、 | 日記 | 八木橋文庫 |
| 00011567 | 永禄4年11月26日 | 15620111 | 山城 | 女御田九条方川成之事、／壱斗五升 三郎左衛門／（他８筆略）…御百姓惣代（花押）、 | 女御田九条方川成注文 | 教王護国寺10-2725 |
| 00011568 | 永禄4年12月10日 | 15620124 | 丹波 | 十日比より十四、五日迄、大雪、 | 天寧寺年代記 | 東大影写本 |
| 00011569 | 永禄4年12月30日 | 15620213 | 甲斐 | 自晦日、元三迄、大風、 | 向嶽菴年代記 | 甲斐戦国史料叢書1 |
| 00011570 | 永禄5年 | 15620214 | 能登 | 大疫、土民死者億万人、去年ト当年如此、 | 永光寺年代記 | 加能史料研究2 |
| 00011571 | 永禄5年 | 15620214 | 甲斐 | 稲皆損、 | 勝山記 | 甲斐国志稿本 |
| 00011572 | 永禄5年 | 15620214 | 武蔵 | 依大乱、大疫ニ、大飢饉、 | 年代記配合抄 | 内閣文庫 |
| 00011573 | 永禄5年2月4日 | 15620318 | 甲斐 | ［武田信玄判物 清野左近入道殿宛］向後以具足二百人、可被勤陣参候、然者、領中不作之由候条、其間之事者為用捨、具足百六十人被召連尤候、仍如件、 | 東大史料所蔵文書 | 戦国遺文武田768 |
| 00011574 | 永禄5年2月8日 | 15620322 | 甲斐 | ［武田家朱印状写 大井左馬允入道殿宛］其方被官、今度従陣中欠落之族、并軍役退屈ニ付て、捨私領、分国令徘徊者、雖何之人許容、可加成敗者也、仍如件、 | 武州文書4 | 戦国遺文武田769 |
| 00011575 | 永禄5年3月24日 | 15620507 | 信濃 | ［武田家朱印状 大須賀久兵衛尉殿宛］其方被官他所令徘徊者、任法意、当主人并地頭へ再三相理、可召返、若有難渋之人者、早々可及注進、任道理、加下知者也、仍如件、 | 長野県大須賀家文書 | 戦国遺文武田774 |
| 00011576 | 永禄5年4月15日 | 15620527 | 甲斐 | ［穴山信君朱印状写、望月藤左衛門尉宛］川除材木并篭藤等者可出、其外、野山木草之儀、山神より身延境早河切、可為計者也、仍如件、 | 望月文書 | 清水市史381 |
| 00011577 | 永禄5年4月26日 | 15620607 | 肥後 | 洪水、享禄三年七月五日、大水之後ハ初て也、 | 八代日記 | 熊本中世史研究会 |
| 00011578 | 永禄5年5月3日 | 15620614 | 肥後 | 何所も河ことに洪水、前代未聞…求麻、八代、水損作毛河崩、彼是前代未聞、家流人水死、牛馬同流、河はた悉クツレ候、 | 八代日記 | 熊本中世史研究会 |
| 00011579 | 永禄5年7月 | 15620810 | 伊予 | そのころは飢饉にて、貴賤飢えぬ、 | 清良記6 | 松浦郁郎校訂 |
| 00011580 | 永禄5年7月5日 | 15620814 | 武蔵 | 就御侘言申上、当年貢諸公事一廻御赦免畢、前々彼郷ニ候百姓、何方ニ有之共、悉召返…田地打開可致耕作旨、被仰出者也、 | 河井文書 | 戦国遺文北条771 |