| ID | 和暦 | グレゴリオ暦 | 地域 | 天変地異などの記事 | 原出典 | 掲載書誌 |
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| 00011521 | 永禄3年 | 15600207 | 陸奥 | 此年、旱魃、 | 正法（寺）年譜住山記 | 正法寺総合調査報告書 |
| 00011522 | 永禄3年 | 15600207 | 遠江 | 長下郡浅羽、柴、江河で、近年水損ゆえ不作、 | 海老江文書 | 静岡県史資料編中世3-2803 |
| 00011523 | 永禄3年 | 15600207 | 京都 | 日照して、八ケ所の湖水、河成に成、 | 細川両家記 | 日本凶荒史考 |
| 00011524 | 永禄3年2月 | 15600307 | 甲斐 | 大雪、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011525 | 永禄3年2月30日 | 15600405 | 伊豆 | ［北条家朱印状 牧之郷百姓中宛］諸百姓御侘言申付而、御赦免条々、／一、来秋御年貢半分、米成ニ被定畢、… | 三須文書 | 戦国遺文北条623 |
| 00011526 | 永禄3年3月 | 15600406 | 京都 | ～六月、旱天、不堪其愁、…入土用、雨降、 | 長享年後畿内兵乱記 | 旱魃霖雨史料 |
| 00011527 | 永禄3年3月 | 15600406 | 京都 | 及三、四、五、六月、旱天、不堪其愁、 | 長享年後畿内兵乱記 | 日本凶荒史考 |
| 00011528 | 永禄3年3月16日 | 15600421 | 武蔵 | ［北条家朱印状 武蔵多摩郡網代百姓中宛］諸百姓御侘言申付而、御赦免条々、／一、来秋御年貢半分、米成ニ被定畢、… | 網代文書 | 戦国遺文北条624 |
| 00011529 | 永禄3年3月26日 | 15600501 | 武蔵 | ［足利義氏印判状 子安郷百姓等并代官宛］今度之徳政法度、自子安、他所江売候下人等事者、則可取返… | 成仏寺文書 | 古河市史987 |
| 00011530 | 永禄3年4月25日 | 15600530 | 相模 | 須田蔵助以目安申上付而…可入徳政者也、 | 森文書 | 戦国遺文北条625 |
| 00011531 | 永禄3年4月25日 | 15600530 | 伊勢 | 太神宮をして、災異を祈禳せしむ、 | 瑞光院記 | 史料綜覧10-496 |
| 00011532 | 永禄3年5月 | 15600604 | 越後 | 当府町人前之事、…逐日悃窮、 | 上杉家文書 | 新潟県史276 |
| 00011533 | 永禄3年5月15日 | 15600618 | 相模 | 西郡十ケ村捧目安ニ付而、酒匂之小島召出遂糺明畢、…年貢方之徳政不入上者、不可出者也、 | 相州文書 | 戦国遺文北条630 |
| 00011534 | 永禄3年5月24日 | 15600627 | 山城 | ［室町幕府奉行人奉書 松室中務大輔殿宛］松尾社公文分、河原田壱町七段大、当時不作、同梅木原弐段・同畠号字宇久呂須、并私領作職・同河原開等事、帯 綸旨、当知行云々、弥可被全領知之由、所被仰下也、仍執達如件、（関連3826･3842省略） | 松尾月読神社文書5-2 | 室町幕府文書集成3825 |
| 00011535 | 永禄3年5月29日 | 15600702 | 京都 | 依炎旱渉旬、被仰御祈、＜諸社寺歟＞ | 続史愚抄中篇49 | 新訂増補国史大系 |
| 00011536 | 永禄3年6月 | 15600704 | 甲斐 | 六月前は日照り、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011537 | 永禄3年6月5日 | 15600708 | 京都 | 当年、日そんニ付、御忌日伝田ニ、粟・きひ成共、まき可申と、百姓申候由候也、 | 目代日記 | 北野天満宮史料 |
| 00011538 | 永禄3年6月11日 | 15600714 | 京都 | 御忌日伝ニ、粟、きひ成共、まき申候へと、被仰出候也、 | 目代日記 | 北野天満宮史料 |
| 00011539 | 永禄3年6月13日 | 15600716 | 甲斐 | ～十月、長雨、耕作以下、何もこれ無く候、疫病流行り、多死無限、 | 小佐野正秀覚書 | 勝山記 |
| 00011540 | 永禄3年6月18日 | 15600721 | 天下 | 入土用、雨降、種苗生長、民蘇生天下、 | 長享年後畿内兵乱記 | 日本凶荒史考 |
| 00011541 | 永禄3年6月19日 | 15600722 | 京都 | よる、にはかに大雨ふり、かみなる、 | 御湯殿上日記 | 日本凶荒史考 |
| 00011542 | 永禄3年6月20日 | 15600723 | 京都 | 雨の御いのりの御くわんしゆとも、かすか、こうふく寺よりまいる、 | 御湯殿上日記 | 史料綜覧10-501 |
| 00011543 | 永禄3年6月23日 | 15600726 | 京都 | 雨ふり、雷なる、 | 御湯殿上日記 | 後鑑330 |
| 00011544 | 永禄3年7月4日 | 15600805 | 京都 | 大風云、 | 続史愚抄中篇49 | 新訂増補国史大系 |
| 00011545 | 永禄3年7月5日 | 15600806 | 武蔵 | 浦百姓可被助ため、詰船方御赦免、 | 武州文書 | 戦国遺文北条637 |
| 00011546 | 永禄3年7月12日 | 15600813 | 伊予 | 七月十二日より、雨は降らず、水はしだいにつまり、はかばかしく湯だにひかせず、…七月より雨降らで、大旱魃なれば、…七十日の長日照りに、土も木も草もこげければ… | 清良記3 | 松浦郁郎校訂 |
| 00011547 | 永禄3年8月 | 15600901 | 下野 | （足利庄）寺岡（足利市）之百姓等土貢公事、不相替前代、無沙汰不可有之候、若於此上も弥百姓等令難渋候者、被取離田地、可被預置別人義、不可有相違候、但従前代此地之者拘来候間、於向後も可為其分条、申定候、猶百姓等仕置、大貫申付候…（小野寺景綱宛） | 小野寺文書21 | 栃木県史中世1 |
| 00011548 | 永禄3年8月 | 15600901 | 京都 | 大風云（東寺執行日記）、 | 続史愚抄 | 日本の気象史料 |
| 00011549 | 永禄3年10月23日 | 15601120 | 京都 | 忌日田日損ニ付而、七段はやうへ（早植）分、壱町壱段をそうへ（遅植）分、八段半あわ、まめ、あつき、如此分植付申候、但此内はやうへ三段、をそうへ五段、まめ二段、あつき壱段半、あわ壱段、此分者不作同事之躰にて候、壱町七段者少ほかたちに出申候…（能信忌日会田現作報告） | 目代日記 | 北野天満宮史料 |
| 00011550 | 永禄3年12月7日 | 15610102 | 京都 | 自暁、雷電、 | 長享年後畿内兵乱記 | 後鑑330 |