１９６６年以降の本所刊行物は、『東京大学史料編纂所所報』に紹介があります。
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- 大日本史料（既刊373冊）
古代の朝廷によって編纂された六国史（887年までの歴史を記述）のあとをうけて、明治維新までのおよそ980年の間の日本史上の事件を年月日順に掲載し、それに関する史料（日記・古文書から随筆・雑著の類まで）を原文のまま収載するもの。
- 史料綜覧（既刊17冊）
大日本史料及びその稿本（およそ5330冊）から、事件の概要を示す綱文と、引用史料名のみを摘記したもの。
- 大日本古文書（既刊213冊）
- 編年文書（25冊）
- 正倉院文書を中心に奈良時代の文書を刊行しています。
- 家わけ文書（131冊）
- 諸家・諸社寺の文書を所蔵者ごとにまとめて収録。現在まで刊行したもの、あるいは刊行中のものは以下の通りです。
- 高野山文書 浅野家文書 伊達家文書 石清水文書 相良家文書 観心寺文書 金剛寺文書 毛利家文書 吉川家文書 東寺文書 小早川家文書 上杉家文書 阿蘇家文書 熊谷家文書・三浦家文書・平賀家文書 山内首藤家文書 島津家文書 大徳寺文書 東大寺文書 醍醐寺文書 東福寺文書 蜷川家文書
益田家文書
- 幕末外国関係文書（57冊）
- 外務省の幕末外交文書編纂業務を引き継いで、明治43年以来、刊行を続けているものです。
- 大日本古記録（既刊115冊）
各時代の代表的日記やその他の記録を、最良の底本によって、欠失した箇所のあるものはその逸文をもあつめて復元し、
校訂を施し、これに標出・傍注を付けて刊行するもの。現在まで刊行したもの、あるいは刊行中のものは以下の通りです。
御堂関白記 新井白石日記 蔗軒日録 江木鰐水日記 上井覚兼日記 貞信公記 後二条師通記 九暦 梅津政景日記
臥雲日件録抜尤 殿暦 小右記 言経卿記 猪隈関白記 建内記 二水記 民経記 後愚昧記 岡屋関白記 中右記
實躬卿記 言緒卿記 齋藤月岑日記 深心院関白記
後深心院関白記 後法成寺関白記 薩戒記 江木鰐水日記
- 大日本近世史料（既刊126冊）
近世の重要な史料を、大日本古記録と同様の体裁で編纂、刊行するもの。現在までに刊行したもの、あるいは刊行中のものは以下の通りです。
上田藩村明細帳 小倉藩人畜改帳 肥後藩人畜改帳 唐通事会所日録 柳営補任・同索引 諸宗末寺帳 諸問屋再興調 編修地誌備用典籍解題 近藤重蔵蝦夷地関係史料 市中取締類集 幕府書物方日記 細川家史料 広橋兼胤公武御用日記
- 大日本維新史料（既刊43冊）
- 編年の部（19冊）
- 弘化3年（1846）2月の孝明天皇の践祚から明治4年（1871）7月の廃藩置県まで、25年6箇月の間の歴史上の事件を年月日順に掲載し、事件の概要とこれに関する史料を収め、図面・実物等も写真に撮影して挿入するもの。
- 類纂の部
- 井伊家史料（24冊）
- 大日本維新史料綱要（既刊10冊）
大日本維新史料及びその稿本（4217冊）を抄出し、引用史料名を注記したもの。
- 日本関係海外史料目録（欧文・既刊15冊）
HISTORICAL DOCUMENTS RELATING TO JAPAN IN
FOREIGN COUNTRIES: AN INVENTORY OF MICROFILM
昭和29年以来、史料編纂所が日本学士院の委託を受けて蒐集してきた、海外諸国に現存する未刊の日本関係史料のマイクロフィルムを分類・整理して、原文書の標題・成立年月日及び地名・受発信者名・員数等を詳記した目録。現在までに刊行したものは以下の通りです。
オランダ国所在文書 イギリス国所在文書 アメリカ合衆国所在文書 スイス国所在文書・ドイツ民主主義共和国所在文書・ドイツ連邦共和国所在文書・スウェーデン国所在文書 ヴァチカン市国所在文書・イタリア共和国所在文書・ポルトガル共和国所在文書・スペイン国所在文書・メキシコ国所在文書 フランス国所在文書 オーストラリア国所在文書・インド国所在文書・インドネシア共和国所在文書・補遺（イギリス国所在文書、フランス国所在文書） 新収１（イギリス国所在文書・アメリカ合衆国所在文書・オーストリア共和国所在文書・デンマーク王国所在文書）
- そのほかの出版物
- 日本関係海外史料（既刊39冊）
日本関係海外史料目録の刊行後、当該諸国に現存する日本関係史料を、翻刻・校訂して刊行するものです。現在までに刊行したもの、あるいは刊行中のものは以下の通りで、いずれも原文編と、その訳文編があります。
オランダ商館長日記 イギリス商館長日記 イエズス会日本書翰集
- 花押かがみ（既刊6冊） 各時代の主要な人物の花押を集め、人物別・死没年月日順に配列するもの。
- 越後国郡絵図（3冊）
- 正倉院文書目録（既刊5冊） 正倉院宝庫に伝存する正倉院文書の成巻順の目録。
- 日本荘園絵図聚影（既刊7冊） 現存する二百数十点の古代・中世荘園絵図を影印によって刊行。
- 保古飛呂比 佐々木高行の日記（12冊）
- 明治維新史料選集（2冊） 明治維新期の基本資料集。幕末編・明治編。
- 読史備要（1冊） 各種の年表・索引をおさめた歴史研究のための便覧。
- 古文書時代鑑（4輯） 各時代主要な文書を写真集成。
- 古簡集影（14輯） 各時代の史料の写真集成。
- 豊太閤真蹟集（2冊） 豊臣秀吉の自筆文書の写真集成。
- 東京大学史料編纂所史史料集 『大日本史料』刊行100周年事業による研究所史。
- 時を越えて語るもの−史料と美術の名宝− 2001年12月より2002年1月まで東京国立博物館で開催された特別展図録。
- 目録・所報・研究紀要など
- 東京大学史料編纂所報（既刊39冊） 昭和41年創刊。前年度における本所の事業と、所員の研究成果及び研究活動の報告。
- 東京大学史料編纂所研究紀要（既刊15冊） 平成2年度創刊。従来所報に収録してきた内容のうち、研究報告、プロジェクト研究報告等を中心に掲載しています。
- 史料編纂所図書目録（既刊16冊） 刊本・写本・洋書の部
- 東京大学史料編纂所写真帳目録（既刊4冊） 全国から写真で蒐集した史料を編成した写真帳の目録
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