史料編纂所の組織は、研究部と図書部、史料保存技術室、事務部から構成されています。
研究部は以下の５部門と２附属センターから成り、教授18人・准教授19人・助教21人が所属しています。
古代史料部門
奈良時代から鎌倉時代までの史料に関する研究を行い、「大日本史料」第一編・第二編・第三編
（以下、平安時代）・第四編（以上鎌倉時代）の編纂・出版を担当。
中世史料部門
室町時代から、安土桃山時代までの史料に関する研究を行い、「大日本史料」第六編・第七編・第八編・第九編（以上、室町時代）
・第十編・第十一編（以上、安土桃山時代）の編纂・出版を担当。
近世史料部門
江戸時代から明治維新までの史料に関する研究を行い、「大日本史料」第十二編（江戸時代）「大日本近世史料」、「大日本維新史料」、「大日本古文書（幕末外国関係文書）」の編纂・出版を担当。
古文書・古記録部門
奈良時代の古文書、平安時代の古記録に関する研究及び史料鑑定に関する研究を行い、「大日本古文書」、「大日本古記録」の編纂・出版を担当。
特殊史料部門
史料全般にわたる基礎的な研究、歴史地理に関する研究、日本に関する外国文および外国所在史料の研究を行い、「花押かがみ」、「日本荘園絵図聚影」「大日本史料」第十編・第十二編の外国語史料、「日本関係海外史料」の編纂・出版を担当。
以上の部門別の研究の他、各部門にまたがるプロジェクト研究も行っており、「正倉院文書目録」を編纂しています。
（2007年4月1日）
| 所長：横山 伊徳 | ||||
| 古代史料部門 | ||||
| 奈良時代・平安時代初期（〜986年）・ 正倉院文書 |
山口英男 教授 | 稲田奈津子 助教 | ||
| 平安時代中期（986年〜1086年） | 加藤友康 教授 | 厚谷和雄 准教授 | ||
| 平安時代末期（1086年〜1185年） | 田島 公 教授 | 藤原重雄 助教 | ||
| 鎌倉時代（1185年〜1333年） | 近藤成一 教授（兼） | 本郷和人 准教授 （大学院情報学環所属） |
西田友広 助教 | |
| 中世史料部門 | ||||
| 室町時代初期（1333年〜1392年） | 山家浩樹 教授 | 高橋典幸 助教 | ||
| 室町時代中期（1392年〜1466年） | 榎原雅治 教授 | 伴瀬明美 助教 | ||
| 室町時代後期（1467年〜1508年） | 末柄 豊 准教授（兼） | 前川祐一郎 助教 | ||
| 室町時代末期（1508年〜1568年） | 渡邊正男 准教授 | 須田牧子 助教 | ||
| 安土時代（1568年〜1582年） | 鴨川達夫 准教授（兼） | 金子 拓 助教 | 黒島 敏 助教 | |
| 桃山時代（1582年〜1603年） | 鴨川達夫 准教授 | 村井祐樹 助教 | 遠藤珠紀 助教 | |
| 近世史料部門 | ||||
| 江戸時代初期（1603年〜1651年） | 宮崎勝美 教授 | 山口和夫 准教授（兼） | 及川 亘 助教 | |
| 江戸時代前期 （細川家史料） | 小宮木代良 准教授 | 木村直樹 助教 | ||
| 江戸時代後期 （市中取締類集） | 佐藤孝之 教授 | 松本良太 准教授 | ||
| 江戸時代後期 （齋藤月岑日記） | 鶴田 啓 教授（兼） | 杉森玲子 准教授 | ||
| 江戸時代後期 （広橋兼胤公武御用日記） | 山本博文 教授 | 松澤克行 助教 | 荒木裕行 助教 | |
| 幕末・明治維新期 （井伊家史料） | 横山伊徳 教授（兼） | 杉本史子 准教授 | 箱石 大 准教授 | |
| 幕末・明治維新期 （幕末外国関係文書） | 保谷 徹 教授 | 小野 将 助教 | 松沢裕作 助教 | |
| 古文書・古記録部門 | ||||
| 古文書 （大徳寺文書） | 保立道久 教授（兼） | |||
| 古文書 （益田家文書） | 久留島典子 教授 | |||
| 古文書 （東寺文書） | 高橋敏子 准教授（兼） | |||
| 古文書 （醍醐寺文書） | 高橋慎一朗 准教授 | |||
| 古文書 （東大寺文書） | 遠藤基郎 准教授 | |||
| 史料鑑定学 | 久留島典子 教授（兼） | |||
| 古記録 （平安時代） | 吉田早苗 教授 | |||
| 古記録 （鎌倉時代） | 尾上陽介 准教授 | 菊地大樹 助教 | ||
| 古記録 （南北朝時代） | 井上 聡 助教 | |||
| 古記録 （室町時代） | 本郷恵子 准教授 | |||
| 古記録 （江戸時代初期） | 田中博美 准教授 | |||
| 特殊史料部門 | ||||
| 文化財史料 （花押かがみ） | 林 譲 教授 | 川本慎自 助教 | ||
| 歴史地理史料 | 石上英一 教授（兼） | |||
| 日本関係海外史料（イエズス会日本書簡集） | 榎原雅治 教授（兼） | 松井洋子 准教授（兼） | 岡美穂子 助教 | |
| 日本関係海外史料 （オランダ商館長日記） | 松井洋子 准教授 | 松方冬子 准教授 | ||
| 画像史料解析センター | ||||
| センター長： 林 謙 | ||||
| 絵画史料（日本荘園絵図聚影） | 石上英一 教授 | 末柄 豊 准教授 | ||
| 画像史料 | 保谷 徹 教授(兼) | 山口和夫 准教授 | ||
| 古文書画像 | 石上英一 教授(兼) | 高橋敏子 准教授 | ||
| （客員准教授） | 青山宏夫 准教授 | |||
| 前近代日本史情報国際センター | ||||
| センター長： 横山 伊徳 | ||||
| 知識（ナレッジ）ベース | 石川徹也 教授 | 赤石美奈 准教授 （工学系研究科所属） |
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| 編纂高度化 | 近藤成一 教授 | 遠藤基郎 准教授（兼） | ||
| 国際知識互換 | 鶴田 啓 教授 | 保立道久 教授 | ||
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April 2007,